Вообще есть функция отключения комментариев на всём сайте

Вроде комменты из ВК не индексируются.

А кстати,можно как то отключить комментарии только в определенном модуле?То есть комменты в новостях мне не нужны,а в статьях нужны

у каждой новости или статьи снизу есть кнопка
Комментарии (разрешить/запретить)

есть ли смысл в линкоровском модуле комментов?

Просто,что бы не перегружать сайт,может модуль комментов вовсе отключить?

Это плохо тогда.Хотя погуглил,вроде говорят индексируются.

Хотя,я пока не знаю,мне то нужно,что бы они индексировались?

Это вам лично ИМХО решать.

По сути добавление/удаление/редактирование комментариев не затратно. При показе контента, конечно, будет дополнительный запрос на выборку комментариев. Но если сайт небольшой, то проблем не будет.

А что бывает на большом сайте с пагинацией уже был разговор. И тем более, что получить 8000 комментов к новости сложнее, чем 8000 новостей. Так что я не думаю, что обрезать встроенные комменты чисто ради такой экономии - стоящая идея.

Это тоже решать вам. Если в комментах есть полезный контент, то найти через поисковик его - это хорошо. Другое дело будет ли он там (а не "круто, клева, класс, спасибо")? С точки зрения СЕО там вряд ли какой профит будет.