В указанном мной репозитории содержится пример связки jplayer и либы для парсига M3U (javascript-playlist-parser). Дабы не возиться со всякими пакетными менеджерами, выкачайте сам пример, либу для парсинга, jplayer и, естественно, jplayer. M3U файл лежит рядом, подкиньте свой. Модификация уже по желанию и пониманию как это действует (ибо вертать можно как угодно, это код).
Технически линкору пофиг: если есть файл init.php в папке с темой оформления, то он его подключает. Другое дело у меня возникает вопрос, а будете ли вы разруливать проблемы (шаблон cloudz ведь от 1.3).
А так посмотрите что в исходном коде страницы, подключены ли скрипты. Проверить подключение init.php можно примитивно вставкой в него echo или die(). Есть реакция - значит, подключается.