Я рекомендую разделять комментарии на сайте и сообщения на форуме. Может со стороны пользователя это не видно, но реализуется это разными механизмами. Комментарии реализованы в самой системе и модули зачастую используют эту стандартную реализацию. А сообщение на форуме - это уже реализует сам модуль форума и системы не касается.
На форуме нумерация сообщений в темах есть, странно, что не заметили. Так то и комментарии пронумировать не сложно. Посмотрите методы RenderPost и RenderPosts. Первый приватный и производит рендеринг массива с данными комментариев на сайте, второй же метод публичный, он делает проверки, получает данные комментариев из базы, создает постраничную навигацию.
Думаю, что в класс Posts надо добавить новое свойство, которое будет являться счетчиком постов при их рендеринге. Начальное значение (по идее текущая страница минус один, дальше разность умножить на количество комментариев на страницу) устанавливает метод RenderPost. Дальше при вызовах метода RenderPosts он выводит эту цифру и увеличивает счетчик после рендеринга каждого поста.